Bei der Entwicklung von Metroid Prime setzte Nintendo nicht auf sein hauseigenes Entwicklerteam sondern auf den Second-Party Developer Retro Studios. Das in Texas basierte Studio ist auch für die Donkey Kong Country Serie für Wii und Wii U bekannt.

Das Ego-Adventure Spiel überraschte nicht nur mit einer wunderschönen 3D-Grafik sondern auch mit Gameplay: Den Titel spielt man nämlich komplett im First-Person Modus. Dabei liegt der Fokus nicht nur auf dem Schießen. Die Erkundung der Spielewelt hat einen gleich hohen Stellenwert.

Nachdem Samus Aran während der Erkundung einer Station der Weltraumpiraten kurz vor Tallon IV ihre gesamte Ausrüstung verloren hat, ist es die Aufgabe des Spielers das Arsenal an Suit-Erweiterungen und Waffen-Upgrades auf Tallon IV zu finden. Mit jedem gefundenen Upgrade kann man eine neue Gegend erkunden und bisher verschlossene Türen öffnen. Die Mechanik dahinter ist zwar simpel, aber sie funktioniert. Die Endbosse sind fordernd und jeder Kampf ist spannend. Diverse Grafik-Effekte, die damals absolut neu waren, sind selbst heute noch schön anzusehen.